1、缺乏柔性化。由于自有仓库具有固定的大小规模和技术水平，使得自有仓库缺乏一定的柔性。在满足不同程度的顾客需求时，自有仓库的存储能力在短期内都将受到一定的限制，在顾客的需求较低时，导致仓库设施的闲置和仓库空间的浪费。
同时，自有仓库的位置一般比较固定，使得企业不能迅速地随市场情况的变化而变化，这将会失去许多重要的商业机会。另一方面，如果自有仓库不能够迅速地满足产品的市场需求，顾客服务水平和销售额将不可避免地下降。
2、财务方面的限制。由于建造仓库的成本比较高，对多数企业来讲，一般不—定具有足够的资金实力来建造或购买，另一方面，建造仓库属于长期的、高风险的投资项目（由于其特殊化的内部设计和建造以至于以后很难销售出去）。
同时，对仓库管理人员支付的工资和培训费用、对仓库管理设备的购买和仓库作业系统的设计使得建造自有仓库变得费时又费钱。另外，从企业自身的角度看，一般都喜欢将资金投入到一些高回报的投资项目上去，以便能够获得及时而高效的回报。
3、投资回报率较低。对自有仓库的投资决策分析就是考察自有仓库的投资回报率。在大多数的情况下，自有仓库的投资回报率一般都很低，它很难获得与其他投资项目一致的投资回报率。
